Nhiều người tiêu dùng chuyển từ tiêu thụ động vật thủy sinh đánh bắt tự nhiên sang động vật nuôi trong các cơ sở thủy sản, với suy nghĩ rằng việc chuyển đổi này sẽ loại bỏ tác động gây ra bởi chế độ ăn của mình lên đa dạng sinh học dưới nước. Đáng tiếc, điều này không đúng trên thực tế. Thức ăn dành cho các động vât thủy sinh ăn thịt và ăn tạp như con tôm vẫn cần một lượng lớn cá từ tự nhiên trong thành phần [15]. 

​

Việc nuôi tôm có thể gây hại cho môi trường một cách khác thông qua lây truyền bệnh trong các khu vực xung quanh. Các ao nuôi với mật độ dày đặc, chứa đầy những con tôm có hệ miễn dịch đã suy yếu, là môi trường sinh sản lý tưởng để các mầm bệnh và các loài ký sinh phát triển mạnh mẽ.

​

Cùng với việc quản lý an toàn sinh học yếu kém, điều này có thể gây hại cho các loài hoang dã do nước thải bị xả ra các dòng sông. Ngược lại, với số lượng nhỏ (thí dụ từ các cơ sở nuôi với cường độ thấp hơn), nước thải đã được xử lý từ các trang trại tôm có thể có lợi do chứa nhiều chất hữu cơ và dinh dưỡng [16].

​

Nhiều con tôm bị đánh bắt từ tự nhiên bằng những chiếc tàu lưới rà đáy (bottom trawler) [17]. Quá trình này bao gồm rà đáy biển để đánh bắt các con vật làm thức ăn cho tôm dưới dạng bột cá. Đánh bắt rà đáy thải 1 gigaton khí CO2 (1 gigaton = 1 tỉ tấn) từ đáy biển mỗi năm (gần bằng lượng khí thải của toàn Châu Phi năm 2010) [18], dẫn đến một lượng lớn sản lượng đánh bắt không mong muốn (bycatch) [19], và gây ra hiện tượng ngư cụ ma [20].

​

Nhiều trang trại tôm được xây trên nền rừng ngập mặn chặt bị phá để làm ao nuôi, gây ra mất carbon đáng kể. Cường độ carbon của hoạt động nuôi tôm trên rừng ngập mặn bị phá cao hơn 10 lần cường độ carbon của bò nuôi lấy thịt trên rừng nhiệt đới Amazon bị phá [21] .